knitr::opts_knit$set(root.dir = '../../../')
library(stringr)
library(ggplot2)
library(dplyr)
## 
## Attaching package: 'dplyr'
## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union

1 Load data

data <- read.table('report/promoter_upstream_downstream_10kb/fetalBrain/intersect.SRX121276.bed.gz', sep = '\t', header = F)

v11.good <- is.na(str_match(data$V14, '[ATGC]'))
v11.strategy1 <- str_match(data$V14, '(.+),.+,.+,.+')
v12.good <- is.na(str_match(data$V15, '[ATGC]'))
v12.strategy1 <- str_match(data$V15, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- v11.strategy1
strategy1[v12.good, ] <- v12.strategy1[v12.good, ]  
# strategy1 <- str_match(data$V12, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- strategy1[, 2]
class(strategy1) <- 'numeric'
data <- data.frame(strategy1 = strategy1, centisnp = data$V7, motif = data$V4, position = data$V2, strand = data$V6)
data <- unique(data)
motifs <- unique(data$motif)

2 Include all motifs

ggplot(data) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
    geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red') +
    ggtitle('All motifs')

for (i in motifs){
    data.sub <- data[data$motif == i, ]
    cat('\n')
    cat("#", paste('Motif', i), "\n")
    # cat("\n")
    print(ggplot(data.sub) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
        geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red'))
    # cat("\n")
    cat("\n")
}

3 Motif M01620

4 Motif M00713

5 Motif M01122

6 Motif M00084

7 Motif M01175

8 Motif M01118

9 Motif PBM0162

10 Motif PBM0145

11 Motif M00001

12 Motif M01610

13 Motif PBM0087

14 Motif M01525

15 Motif MA0018.2

16 Motif M00338

17 Motif M00041

18 Motif M00078

19 Motif M01970

20 Motif MA0139.1

21 Motif M01259

22 Motif M01200

23 Motif M00693

24 Motif M01182

25 Motif M01838

26 Motif MA0119.1

27 Motif M01196

28 Motif M00615

29 Motif PBM0097

30 Motif MA0076.1

31 Motif M01990

32 Motif M01988

33 Motif M01986

34 Motif M01985

35 Motif M01983

36 Motif M01981

37 Motif M01167

38 Motif M01700

39 Motif M01642

40 Motif M02040

41 Motif MA0100.1

42 Motif PBM0203

43 Motif M00428

44 Motif M00112

45 Motif M00986

46 Motif M00491

47 Motif M01639

48 Motif M01241

49 Motif M00108

50 Motif M01714

51 Motif M01509

52 Motif PBM0095

53 Motif PBM0126

54 Motif PBM0104

55 Motif PBM0103

56 Motif PBM0132

57 Motif PBM0135

58 Motif PBM0116

59 Motif M01940

60 Motif M00237

61 Motif M00235

62 Motif MA0006.1

63 Motif M01961

64 Motif M01104

65 Motif M00654

66 Motif M01935

67 Motif M02011

68 Motif PBM0027

69 Motif M01559

70 Motif M01903

71 Motif M01629

72 Motif PBM0054

73 Motif M01512

74 Motif M01839

75 Motif M01002

76 Motif M00104

77 Motif PBM0023

78 Motif M01550

79 Motif M00244

80 Motif M00322

81 Motif M00730

82 Motif M00740

83 Motif M00431

84 Motif PBM0130

85 Motif PBM0107

86 Motif M01992

87 Motif M01987

88 Motif M00797

89 Motif M01597

90 Motif PBM0114

91 Motif PBM0113

92 Motif M00916

93 Motif PBM0191

94 Motif PBM0176

95 Motif M00712

96 Motif M00644

97 Motif M00466

98 Motif M00976

99 Motif M01636

100 Motif M01220

101 Motif PBM0120

102 Motif PBM0105

103 Motif PBM0094

104 Motif PBM0129

105 Motif PBM0128

106 Motif PBM0119

107 Motif PBM0100

108 Motif PBM0110

109 Motif PBM0121

110 Motif PBM0101

111 Motif M02039

112 Motif M02037

113 Motif M01989

114 Motif M01982

115 Motif M01980

116 Motif M01979

117 Motif M01976

118 Motif M00032

119 Motif M00262

120 Motif M01660

121 Motif MA0048.1

122 Motif M01243

123 Motif M01114

124 Motif M00940

125 Motif M00939

126 Motif M01492

127 Motif PBM0083

128 Motif M00263

129 Motif M01951

130 Motif PBM0077

131 Motif M01843

132 Motif M00049

133 Motif M00068

134 Motif M00920

135 Motif M00516

136 Motif M01812

137 Motif M00113

138 Motif M01933

139 Motif PBM0198

140 Motif PBM0181

141 Motif PBM0085

142 Motif M01517

143 Motif PBM0082

144 Motif M01925

145 Motif M01613

146 Motif M01649

147 Motif M01948

148 Motif M01635

149 Motif M00942

150 Motif M00799

151 Motif M00217

152 Motif MA0093.1

153 Motif MA0004.1

154 Motif M01699

155 Motif M01050

156 Motif M01249

157 Motif M00440

158 Motif M01577

159 Motif M01962

160 Motif PBM0072

161 Motif M00765

162 Motif M00763

163 Motif M00762

164 Motif MA0115.1

165 Motif M00512

166 Motif M01782

167 Motif M01198

168 Motif M01068

169 Motif M00649

170 Motif M01544

171 Motif M01251

172 Motif M01634

173 Motif M00345

174 Motif M00270

175 Motif M00373

176 Motif M00470

177 Motif M00698

178 Motif M00182

179 Motif M01852

180 Motif M01972

181 Motif M00243

182 Motif M01947

183 Motif M01648

184 Motif M00720

185 Motif M00697

186 Motif M00694

187 Motif M00036

188 Motif M01862

189 Motif M01820

190 Motif M00917

191 Motif M00691

192 Motif M00513

193 Motif M00017

194 Motif M01863

195 Motif M01187

196 Motif M01186

197 Motif M00179

198 Motif M00178

199 Motif M01861

200 Motif M00981

201 Motif M00946

202 Motif M00944

203 Motif M00375

204 Motif M00039

205 Motif M00514

206 Motif M00766

207 Motif M00121

208 Motif M00369

209 Motif M00366

210 Motif M00187

211 Motif M01584

212 Motif PBM0089

213 Motif M01564

214 Motif M00434

215 Motif M00236

216 Motif MA0104.2

217 Motif MA0059.1

218 Motif M01658

219 Motif M01113

220 Motif M01673

221 Motif MA0024.1

222 Motif M00739

223 Motif M00738

224 Motif M00737

225 Motif M00736

226 Motif M00427

227 Motif M00426

228 Motif M00050

229 Motif M00977

230 Motif M01162

231 Motif M01958

232 Motif M00258

233 Motif M01959

234 Motif M00936

235 Motif M01806

236 Motif M01816

237 Motif M00965

238 Motif PBM0118

239 Motif M01643

240 Motif M00706

241 Motif M01587

242 Motif MA0057.1

243 Motif M01111

244 Motif M00492

245 Motif M01718

246 Motif M01840

247 Motif M00070

248 Motif M01049

249 Motif M01516

250 Motif M00927

251 Motif M00918

252 Motif M00014

253 Motif MA0039.2

254 Motif MA0088.1

255 Motif M00425

256 Motif PBM0172

257 Motif PBM0171

258 Motif M01513

259 Motif M00069

260 Motif M00223

261 Motif MA0117.1

262 Motif M00778

263 Motif M01917

264 Motif M01240

265 Motif PBM0013

266 Motif M01558

267 Motif PBM0200

268 Motif M01818

269 Motif M01793

270 Motif M00985

271 Motif M00796

272 Motif M00539

273 Motif M00945

274 Motif M00371

275 Motif M00370

276 Motif M00220

277 Motif M00660

278 Motif M01742

279 Motif M00652

280 Motif M01625

281 Motif M01154

282 Motif MA0017.1

283 Motif M01650

284 Motif M00158

285 Motif M00134

286 Motif M01681

287 Motif M01035

288 Motif M01752

289 Motif M00064

290 Motif MA0138.2

291 Motif M01256

292 Motif M00325

293 Motif M00256

294 Motif M01028

295 Motif M02032

296 Motif M01911

297 Motif M00687

298 Motif M00722

299 Motif M00666

300 Motif M00024

301 Motif M00528

302 Motif M00411

303 Motif M02016

304 Motif M00245

305 Motif M00246

306 Motif M01065

307 Motif M01916

308 Motif M00973

309 Motif PBM0060

310 Motif M01946

311 Motif M00066

312 Motif M00065

313 Motif MA0091.1

314 Motif M01585

315 Motif M01608

316 Motif M00806

317 Motif MA0007.1

318 Motif M01744

319 Motif M00651

320 Motif M01556

321 Motif M00281

322 Motif M01571

323 Motif PBM0066

324 Motif M01567

325 Motif M01511

326 Motif M01662

327 Motif M00252

328 Motif PBM0031

329 Motif M01548

330 Motif M00279

331 Motif MA0003.1

332 Motif M00469

333 Motif M00320

334 Motif M01598

335 Motif PBM0081

336 Motif PBM0134

337 Motif M01768

338 Motif M01298

339 Motif M01938

340 Motif M00671

341 Motif M00193

342 Motif M00788

343 Motif M00418

344 Motif M00443

345 Motif M01728

346 Motif M01070

347 Motif M01909

348 Motif M01910

349 Motif PBM0156

350 Motif PBM0140

351 Motif M01343

352 Motif M01906

353 Motif M01927

354 Motif M00394

355 Motif M01054

356 Motif M00993

357 Motif M00368

358 Motif M01116

359 Motif PBM0173

360 Motif PBM0142

361 Motif MA0157.1

362 Motif M00176

363 Motif M01960

364 Motif M01937

365 Motif PBM0079

366 Motif M01815

367 Motif MA0142.1

368 Motif MA0114.1

369 Motif M00210

370 Motif M00280

371 Motif PBM0005

372 Motif M00626

373 Motif M01549

374 Motif M01591

375 Motif M00119

376 Motif MA0069.1

377 Motif MA0058.1

378 Motif M00930

379 Motif M00795

380 Motif MA0140.1

381 Motif M01214

382 Motif M00150

383 Motif M00292

384 Motif M00746

385 Motif M01774

386 Motif M01082

387 Motif M01749

388 Motif PBM0133

389 Motif M01394