knitr::opts_knit$set(root.dir = '../../../')
library(stringr)
library(ggplot2)
library(dplyr)
##
## Attaching package: 'dplyr'
## The following objects are masked from 'package:stats':
##
## filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
##
## intersect, setdiff, setequal, union
Load data
data <- read.table('report/promoter_upstream_downstream_10kb/fetalBrain/intersect.SRX121276.bed.gz', sep = '\t', header = F)
v11.good <- is.na(str_match(data$V14, '[ATGC]'))
v11.strategy1 <- str_match(data$V14, '(.+),.+,.+,.+')
v12.good <- is.na(str_match(data$V15, '[ATGC]'))
v12.strategy1 <- str_match(data$V15, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- v11.strategy1
strategy1[v12.good, ] <- v12.strategy1[v12.good, ]
# strategy1 <- str_match(data$V12, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- strategy1[, 2]
class(strategy1) <- 'numeric'
data <- data.frame(strategy1 = strategy1, centisnp = data$V7, motif = data$V4, position = data$V2, strand = data$V6)
data <- unique(data)
motifs <- unique(data$motif)
Include all motifs
ggplot(data) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red') +
ggtitle('All motifs')

for (i in motifs){
data.sub <- data[data$motif == i, ]
cat('\n')
cat("#", paste('Motif', i), "\n")
# cat("\n")
print(ggplot(data.sub) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red'))
# cat("\n")
cat("\n")
}
Motif M01620

Motif M00713

Motif M01122

Motif M00084

Motif M01175

Motif M01118

Motif PBM0162

Motif PBM0145

Motif M00001

Motif M01610

Motif PBM0087

Motif M01525

Motif MA0018.2

Motif M00338

Motif M00041

Motif M00078

Motif M01970

Motif MA0139.1

Motif M01259

Motif M01200

Motif M00693

Motif M01182

Motif M01838

Motif MA0119.1

Motif M01196

Motif M00615

Motif PBM0097

Motif MA0076.1

Motif M01990

Motif M01988

Motif M01986

Motif M01985

Motif M01983

Motif M01981

Motif M01167

Motif M01700

Motif M01642

Motif M02040

Motif MA0100.1

Motif PBM0203

Motif M00428

Motif M00112

Motif M00986

Motif M00491

Motif M01639

Motif M01241

Motif M00108

Motif M01714

Motif M01509

Motif PBM0095

Motif PBM0126

Motif PBM0104

Motif PBM0103

Motif PBM0132

Motif PBM0135

Motif PBM0116

Motif M01940

Motif M00237

Motif M00235

Motif MA0006.1

Motif M01961

Motif M01104

Motif M00654

Motif M01935

Motif M02011

Motif PBM0027

Motif M01559

Motif M01903

Motif M01629

Motif PBM0054

Motif M01512

Motif M01839

Motif M01002

Motif M00104

Motif PBM0023

Motif M01550

Motif M00244

Motif M00322

Motif M00730

Motif M00740

Motif M00431

Motif PBM0130

Motif PBM0107

Motif M01992

Motif M01987

Motif M00797

Motif M01597

Motif PBM0114

Motif PBM0113

Motif M00916

Motif PBM0191

Motif PBM0176

Motif M00712

Motif M00644

Motif M00466

Motif M00976

Motif M01636

Motif M01220

Motif PBM0120

Motif PBM0105

Motif PBM0094

Motif PBM0129

Motif PBM0128

Motif PBM0119

Motif PBM0100

Motif PBM0110

Motif PBM0121

Motif PBM0101

Motif M02039

Motif M02037

Motif M01989

Motif M01982

Motif M01980

Motif M01979

Motif M01976

Motif M00032

Motif M00262

Motif M01660

Motif MA0048.1

Motif M01243

Motif M01114

Motif M00940

Motif M00939

Motif M01492

Motif PBM0083

Motif M00263

Motif M01951

Motif PBM0077

Motif M01843

Motif M00049

Motif M00068

Motif M00920

Motif M00516

Motif M01812

Motif M00113

Motif M01933

Motif PBM0198

Motif PBM0181

Motif PBM0085

Motif M01517

Motif PBM0082

Motif M01925

Motif M01613

Motif M01649

Motif M01948

Motif M01635

Motif M00942

Motif M00799

Motif M00217

Motif MA0093.1

Motif MA0004.1

Motif M01699

Motif M01050

Motif M01249

Motif M00440

Motif M01577

Motif M01962

Motif PBM0072

Motif M00765

Motif M00763

Motif M00762

Motif MA0115.1

Motif M00512

Motif M01782

Motif M01198

Motif M01068

Motif M00649

Motif M01544

Motif M01251

Motif M01634

Motif M00345

Motif M00270

Motif M00373

Motif M00470

Motif M00698

Motif M00182

Motif M01852

Motif M01972

Motif M00243

Motif M01947

Motif M01648

Motif M00720

Motif M00697

Motif M00694

Motif M00036

Motif M01862

Motif M01820

Motif M00917

Motif M00691

Motif M00513

Motif M00017

Motif M01863

Motif M01187

Motif M01186

Motif M00179

Motif M00178

Motif M01861

Motif M00981

Motif M00946

Motif M00944

Motif M00375

Motif M00039

Motif M00514

Motif M00766

Motif M00121

Motif M00369

Motif M00366

Motif M00187

Motif M01584

Motif PBM0089

Motif M01564

Motif M00434

Motif M00236

Motif MA0104.2

Motif MA0059.1

Motif M01658

Motif M01113

Motif M01673

Motif MA0024.1

Motif M00739

Motif M00738

Motif M00737

Motif M00736

Motif M00427

Motif M00426

Motif M00050

Motif M00977

Motif M01162

Motif M01958

Motif M00258

Motif M01959

Motif M00936

Motif M01806

Motif M01816

Motif M00965

Motif PBM0118

Motif M01643

Motif M00706

Motif M01587

Motif MA0057.1

Motif M01111

Motif M00492

Motif M01718

Motif M01840

Motif M00070

Motif M01049

Motif M01516

Motif M00927

Motif M00918

Motif M00014

Motif MA0039.2

Motif MA0088.1

Motif M00425

Motif PBM0172

Motif PBM0171

Motif M01513

Motif M00069

Motif M00223

Motif MA0117.1

Motif M00778

Motif M01917

Motif M01240

Motif PBM0013

Motif M01558

Motif PBM0200

Motif M01818

Motif M01793

Motif M00985

Motif M00796

Motif M00539

Motif M00945

Motif M00371

Motif M00370

Motif M00220

Motif M00660

Motif M01742

Motif M00652

Motif M01625

Motif M01154

Motif MA0017.1

Motif M01650

Motif M00158

Motif M00134

Motif M01681

Motif M01035

Motif M01752

Motif M00064

Motif MA0138.2

Motif M01256

Motif M00325

Motif M00256

Motif M01028

Motif M02032

Motif M01911

Motif M00687

Motif M00722

Motif M00666

Motif M00024

Motif M00528

Motif M00411

Motif M02016

Motif M00245

Motif M00246

Motif M01065

Motif M01916

Motif M00973

Motif PBM0060

Motif M01946

Motif M00066

Motif M00065

Motif MA0091.1

Motif M01585

Motif M01608

Motif M00806

Motif MA0007.1

Motif M01744

Motif M00651

Motif M01556

Motif M00281

Motif M01571

Motif PBM0066

Motif M01567

Motif M01511

Motif M01662

Motif M00252

Motif PBM0031

Motif M01548

Motif M00279

Motif MA0003.1

Motif M00469

Motif M00320

Motif M01598

Motif PBM0081

Motif PBM0134

Motif M01768

Motif M01298

Motif M01938

Motif M00671

Motif M00193

Motif M00788

Motif M00418

Motif M00443

Motif M01728

Motif M01070

Motif M01909

Motif M01910

Motif PBM0156

Motif PBM0140

Motif M01343

Motif M01906

Motif M01927

Motif M00394

Motif M01054

Motif M00993

Motif M00368

Motif M01116

Motif PBM0173

Motif PBM0142

Motif MA0157.1

Motif M00176

Motif M01960

Motif M01937

Motif PBM0079

Motif M01815

Motif MA0142.1

Motif MA0114.1

Motif M00210

Motif M00280

Motif PBM0005

Motif M00626

Motif M01549

Motif M01591

Motif M00119

Motif MA0069.1

Motif MA0058.1

Motif M00930

Motif M00795

Motif MA0140.1

Motif M01214

Motif M00150

Motif M00292

Motif M00746

Motif M01774

Motif M01082

Motif M01749

Motif PBM0133

Motif M01394
